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                           LOGICIELS POUR LA RECHERCHE ET L'INDUSTRIE

                                           Prédictions ADME/TOX In Silico        
                        Bases de Données ADME/Tox                  


                           

                                 

                                

 Prédictions ADME/Tox     

  la plateforme KnowItAll ADME/Tox a été développée par Bio-rad. Celle-ci permet à partir de la structure d'une 
molécule,
de lancer des calculs de prédiction concernant les caractéristiques ADME/Tox ou physico-chimiques d'une substance. (Traitement batch possible)
                        
TOUS LES MODULES PROPOSES  CI-DESSOUS NECESSITENT L'ACQUISITION DE LA PLATEFORME                                                                      "KnowItAll ADME/Tox"
                                                          KnowItAll
  CONSTITUE L'INTERFACE DE TRAVAIL
 La plateforme inclus des outils de traitement suivant:  
- Outil d'optimisation des modèles de prédiction à partir de données expérimentales------> Consensus Modelling
 - Outil de sélection d'une molécule "candidate" à partir de plusieurs critères---------------> CompareIt
- Outil de validation d'un modèle ------------------------------------------------------ -------------------> ValidateIt
-
Outil de construction d'une base de données propriétaire----------- -----------------------> MineIt     
-Outil d'optimisation des structures pour une caractéristique donnée----------------------------> OptimiseIt


                                                     
                                                          Structure de la Plateforme

                                                         

                                                                                                                                          

                                                     LISTE DES MODULES
                                           
             (Chaque module peut-être acquis séparément et intégré dans la plateforme KnowItAll)

  circle03_orange.gif Human Intestinal Absorption Rate   circle03_orange.gif Bioaccumulation   circle03_orange.gif Bioavailibility  
  circle03_orange.gif Blood-Brain Barrier Permeability  
  circle03_orange.gif Elimination Half-Life                 
  circle03_orange.gif Equbits (QSAR)   
  circle03_orange.gif Immunotoxicity   circle03_orange.gif Irritation     
  circle03_orange.gif Log P   
circle03_orange.gif Log D
  circle03_orange.gif Metabolism   circle03_orange.gif Metabolite Toxicity 
  circle03_orange.gif Mutagenicity   circle03_orange.gif Neurotoxicity   circle03_orange.gif Oncogenicity   circle03_orange.gif Plasma Protein Binding      
  
circle03_orange.gif PKa  circle03_orange.gif Polar Surface Area   circle03_orange.gif Rule of Five
  circle03_orange.gif Sensivity   circle03_orange.gif Teratogenicity    circle03_orange.gif Water Solubility
                                                                        

                                                  Des versions complètes d'évaluation des modules peuvent-être mises à disposition, demande sur bouton DEVIS/CONTACT

Human Intestinal Absorption Rate: Module développé par ChemSilico. Le modèle prédit le pourcentage de la dose de substance absorbée par voie orale et présente dans le sang au niveau de la veine porte hépathique.
                                                                                                                                            Devis 
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Bioaccumulation: Permet d'évaluer l'accumulation des xénobiotiques dans l'organisme en fonction des réglages de la durée de l'administration (single, repeated, chronic) .L'outil est disponible dans le module Toxicity développé par ComGenex et comprenant les outils suivant: Mutagenicity, Carcinogenicity, Teratogenicity, Skin, Sensivity, Irritation, oncogenicity, Immunotoxicity.
                                                                                                                                             Devis 
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Bioavailibility:Module Bio-rad calculant le degré de présence d'une substance dans les tissus cibles après administration.
                                                                                                                                            Devis 
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Blood Brain Barrier: Prédiction du taux de concentration d'une substance entre le sang et la concentration dans le cerveau. Module développé par ChemSilico.
                                                                                                                                            Devis 
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Elimination Half Life: Prédit le demi-vie d'élimination, c'est-à-dire le temps nécessaire à l'élimination de la moitié du xénobiotique.                                                                                                                                              Devis 
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Equbits: Equbits est un QSAR spécialement conçu pour la prédiction des caractéristiques ADME/Tox. Il a été développé  selon la technologie récente SVM (Machines à Vecteurs Support).  Il permet de construire des modèles "in silico" à partir de  descripteurs déterminés par l'utilisateur ou d'une série de descripteurs préconstruits dans Equbits. Le logiciel est complètement intégré dans l'interface KnowItAll et les modèles réalisés avec Equbits permettent d'utiliser "consensus modelling" pour optimiser la qualité des prédictions.
.                                                                                                                                              Devis 
 
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Immunotoxicity: Cet outil de prédiction fait partie de la gamme des outils disponibles dans le module Toxicity et
comprenant les modèles suivant:  Mutagenicity, Carcinogenicity, Teratogenicity, Skin,Sensivity, Irritation, Bioaccumulation
oncogenicity. 
                                                                                                                                              Devis 
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Irritation: Outil de prédiction inclus dans la gamme des modèles disponibles dans le module Toxicity de ComGenex et comprenant 
les modules suivant: Mutagenicity, Carcinogenicity, Teratogenicity, Skin Sensivity, Immunotoxicity, Bioaccumulation, Ongenicity.  
 
                                                                                                                                             Devis 
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LogP: Plusieurs modèles de la prédiction du LogP sont intégrables dans l'interface KnowItAll, il s'agit respectivement des modèles développés par ChemSilico, ComGenex et Syracuse Research Corporation. Chacun de ces modèles peut être acquis séparément. Cependant, le lancement d'une prédiction simultanée de ces trois modèles distincts permet  l'utilisation de l'outil "Consensus Modelling" disponible dans l'interface KnowItAll et d'obtenir des prédictions largement améliorées.
                                                                                                                                             Devis 

LogD: Deux modèles respectivement développés par ChemSilico et ComGenex sont disponibles. L'utilisation de ces deux modèles conjointement dans KnowItall permet de visualiser sur un même graphe les deux courbes de prédiction en fonction du PH   
                                                                                                                                             Devis 
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Metabolism: Ce module utilise MetabolExpert de Compudrug International Inc. Cet outil prédit les multiples étapes métaboliques en s'appuyant sur une base de connaissances contenant plus de 600 règles de transformations métaboliques.
                                                                                                                                              Devis 
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Metabolite Toxicity: Module de prédiction intégré dans le module Toxicity développé par ComGenex et comprenant les outils complémentaires de prédiction suivant: Mutagenicity, Carcinogenicity, Teratogenicity, Skin Sensivity, Irritation, Immunotoxicity, Bioaccumulation.
                                                                                                                                               Devis 
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Mutagenicity: Deux modules distincts de prédiction sont disponibles. Ces deux outils, pouvant être acquis séparément, ont été développés respectivement par ChemSilico LLC et ComGenex. L'acquisition des deux outils intégrés dans l'interface KnowItAll permet d'optimiser un modèle avec Consensus Modelling et de le valider avec l'outil ValidateIt. Le module développé par ComGenex inclus les outils complémentaires de prédictions suivant: "Carcinogenicity, Teratogenicity, Skin Sensivity, Irritation, Immunotoxicity, Bioaccumulation et Oncogenicity".
                                                                                                                                                 Devis 
 
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Neurotoxicity: Module de prédiction intégré dans le module Toxicity développé par ComGenex et comprenant les outils complémentaires de prédiction suivant: Mutagenicity, Carcinogenicity, Teratogenicity, Skin Sensivity, Irritation, Immunotoxicity, Bioaccumulation et Oncogenicity.
                                                                                                                                                  Devis 
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Oncogenicity:
Module de prédiction intégré dans le module Toxicity développé par ComGenex et comprenant les outils complémentaires de prédiction suivant: Mutagenicity, Carcinogenicity, Teratogenicity, Skin Sensivity, Irritation, Immunotoxicity, Bioaccumulation.
.                                                                                                                                                  Devis 
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Plasma protein Binding
: Module développé par ChemSilico LLC
                                                                                                                                                  Devis 
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PKa
Il s'agit d'un modèle de prédiction développé par CompuDrug International Inc. Ce module intégré dans l'interface KnowItAll permet d'évaluer les PKa à partir des structures inportées par SD files ou dessinées dans le logiciel de dessin intégré.
                                                                                                                                                  Devis 
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Polar Surface Area:
Module développé par Bio-rad utilisant une méthode fragmentaire publiée par Ertl et Al (J.Med.Chem.2000). Module inclus dans la plate-forme KnowItAll et disponible avec l'achat de tout module de prédiction

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Rule of Five
:
Règle établie par Cristopher Lipinski. Le module permet par une simple soumission de la structure de déceler une violation des points "clés" de la règle du même auteur permettant de déceler les meilleures structures candidates
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Skin Sensivity
:
Outil  intégré dans le module "Toxicity " développé par ComGenex et comprenant la liste de prédictions suivante: "Carcinogenicity, Teratogenicity,Mutagenicity, Irritation, Immunotoxicity, Bioaccumulation et Oncogenicity"
                                                                                                                                                   Devis 
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Teratogenicity
:
Outil  intégré dans le module "Toxicity " développé par ComGenex et comprenant la liste de prédictions suivante: Carcinogenicity, Skin Sensivity,Mutagenicity, Irritation, Immunotoxicity, Bioaccumulation et Oncogenicity.
                                                                                                                                                   Devis 
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Water Solubility
Ce module a été développé par ChemSilico LLC. Une prédiction de la solubilité aqueuse est obtenue pour 3 valeurs de PH (2.0, 5.0,7.4) Les modèles utilisent 158 descripteurs propres et 350 descripteurs topologiques et de l'état électroniques bien connus.
 
                                                                                                                                                  Devis 
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Consensus Modelling:  La prédiction d'une propriété donnée par l'utilisation d'un modèle prédéfini ne fournit pas  nécessairement les meilleurs résultats. Bio-rad a donc développé Consensus Modelling qui consiste à  utiliser plusieurs modèles de prédiction afin de générer un modèle unique et optimisé à partir d'une population de molécules dont on connait les valeurs
expérimentales. Ce modèle pourra être ensuite appliqué à toutes molécules similaires. Cet outil est inclus dans la plateforme
KnowItAll ADME/tox.
                                                                                                                                Devis 
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CompareIt: Comparelt permet d'extraire d'une base de données expérimentales ou de données prédites des molécules répondant à plusieurs critères de propriétés (étudiées deux par deux). Les résultats apparaissent dans un diagramme de points permettant de lire en abscisse et en ordonnée la valeur des propriétés choisies. La capture au lasso des points retenus permet de visualiser les structures correspondantes.
                                                                                                                                                    Devis  
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ValidateIt
:
Cette outil intégré comme outil de base dans la plate-forme fournit une analyse des résultats de prédictions et permet ainsi de valider un modèle ou d'évaluer la pertinence des résultats
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Bases de Données:
 
Plusieurs bases de données physico-chimiques et ADME/Tox peuvent venir enrichir la plate-forme de façon à créer des "Consensus model" ou utilisées pour valider un modèle.
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MineIt: Permet la création de base de données propres pour le stockage des données expérimentales ainsi que des données
calculées.

OptimiseIt: OptimeIt est un outil puissant qui permet d'optimiser la structure d'une molécule en vue d'améliorer une caractéristique donnée. Pour cela l'utilisateur peut automatiquement substituer en mode batch des groupes fonctionnels disponibles dans une base de données  fournie mais qui peut-être aussi établie par l'utilisateur. Les résultats apparaissent dans un tableau qui peut être facilement exploité avec les outils de "Data Mining" permettant de classer les résultats selon des critères pré-établi par l'utilisateur.
                                                                                                                                                                Devis 
                                 

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                                          - Bases de Données Physico-chimiques et ADME/Tox Bio-Rad    
                                            L'ensemble des bases sont visualisable dans l'interface de Bio-rad KnowItAll. Ces bases peuvent être utilisées pour optimiser
                                           des modèles de prédiction des caractéristiques ADME/Tox à partir de la structure.

                                           

- Liste des bases disponibles -            

  • Bioavailability
  • Blood-Brain Barrier Permeability
  • Carcinogenicity
  • Carcinogenicity Potency
  • Cardiac Toxicity
  • EPA Fathead Minnow Acute Toxicity
  • EPA Water Disinfection By-Products with Carcinogenicity Estimate
  • Estrogen Receptor Binding
  • FDA Maximum Daily Dose
  • Human Intestinal Absorption
  • Human Intestinal Absorption/Polar Surface Area
  • log D
  • log P
  • Mutagenicity
  • Plasma Protein Binding
  • Water Solubility

                                                                               Détail et origine des bases Doc Bio-rad    Devis  
                                    


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