Logiciels Biomédicaux et de Biologie    

                                                     Liste des outils disponibles

     AssayZap  (Analyses Rya,Elisa,colorimétrique...)
     CalcuSyn (Détection de synergie ou inhibition de drogues combinées)
     EnzFitter (Cinétique enzymatique)
     Kell (Radioligands, constantes d'équilibre)
     QuantiScan (Densitomètre pour gels)

   Spécial Educatif:

    Cardiolab (Simulation d'électrocardiogrammes in vivo)
    Ileum  (Simulation de l'influence de substances active sur l'ileum d'un cobail)
    Neurosim (Neurophysiologie)
                                                                       

AssayZap:  Cet outil est un calculateur permettant de traiter les tests d'analyse Rya, Elisa, Irma, colorimétriques ainsi que pour toutes autres méthodes. Les courbes "standard" peuvent être traitées et mise en forme automatiquement avec 2 ou 4 paramètres ou bien de façon complètement manuelle. AssayZap peut traiter les données de plus de 380 plaques de lecture dans n'importe quel ordre. Les fichiers peuvent être acquis directement des instruments avec une interface R232 ou R422. Des commandes d'importation directes sont déjà intégrée pour un grand nombre d' instruments des marques LKB, Packard, Nuclear Enterprises, Titertek, Dynatech, Rack, Clinigamma, Multigamma, Gammamaster, Delfia, Labtek, Digitech, Wallac, Tracor, Bio-Tek et Biorad.
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CalculSyn:   Ce logiciel permet d'analyser l'action combinée de plusieurs drogues absorbées simultanément. Il peut en effet déceler automatiquement des effets d'inhibition ou bien de synergie. Le traitement des maladies par plusieurs traitements simultanés est courant et CalcuSyn est le logiciel le plus utilisé pour établir l'efficacité de tels traitements. Pour cela, le logiciel utilise les méthodes d'évaluation Drogue, Dose, Effet utilisée dans la méthode de "l'effet médian" décrite par T-C Chou and Talalay (Trends pharmacol.Sci4,450-454). CalcuSyn peut s'interfacer à d'autres logiciels. Les données peuvent être importées directement à partir des instruments. Le logiciel peut traiter étudier autant des systèmes de médicaments administrés à taux fixes et à taux variables. CalculSyn construit automatiquement les graphes correspondant et peut construire des rapports fournissant une analyse détaillée des interactions incluant les combinaisons Index et EDx; pour toutes valeurs de x. le"CI" peut-être calculé par les simulation de Monte Carlo ou par des algorithmes avancés d'estimation algébrique.
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EnzFitter: Ce logiciel a été conçu afin d'analyser les paramètres de cinétique enzymatique. Les modèles intégrés dans le logiciel incluent les méthodes suivantes: Michaelis-Menten avec ou sans inhibition de substrat, inhibition compétitive, inhibition non compétitive et inhibition mixée, complexe ternaire avec ou sans inhibition par substrat.(Voir liste complète ci-dessous) Il est possible d'ajouter dans le logiciel des modèles complémentaires par simple syntaxe algébrique. Les fichiers d'importation de données dans EnzFitter peuvent être sans limitation de taille et sous DOS, ASCII, dBase, FoxPro, Excel, Quattro Pro, Lotus 123, Paradox et Symphony. EnzFitter vous permet pour le confort de travail de créer des fenêtres personnalisées. Les résultats sont bien entendu exportables sous divers formats.

 Liste des équations 

Two-Phase Linear
    Version d'éssai TELECHARGEM ENT                          Capture d'écran           Devis
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Kell: Ce logiciel est probablement la référence en ce qui concerne les études attachées aux radioligands. La première version date de 1985. Kell utilise les techniques d' " Iterative Curve Fitting" pour analyser la saturation et les équilibres en compétition ainsi que pour déterminer les constantes d'équilibre. La pertinence du choix des modèles se fait grâce à l'intégration d'outils statistiques incluant un "F-test" et des "runs test". Ajoutons que Kell inclut une version simplifiée du célèbre logiciel "LIGAND" de Munson et Rodbard et qui reste un outil de choix pour le traitement des courbes mettant en jeux plusieurs ligandes liées à des sites multiples. Les données peuvent être entrées manuellement ou importées d'une feuille de calcul. Le nombre d'entrées ainsi que celui de ligandes et de récepteurs n'est limité que par la puissance du PC utilisé.
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QuantiScan: Ce logiciel a toutes les fonctions d'un puissant densitomètre pour gels. Les informations pouvant être exploitées à partir d'un simple scanner réduit considérablement le coût des mesures. Le logiciel peut analyser un grand nombre de substances dont les polyacrylamides, les gels d'agaroses, les plaques TLC. Pratiquement tous les types d'images peuvent être analysés en mode manuel. Les tableaux numériques, les graphes et les images peuvent être édités dans des rapports mais aussi sauvegardés sous la forme de fichiers. Les coordonnées X,Y du profil densitométrique peuvent être exportées séparément dans une table et  être ainsi exploitées avec un autre outil. Il y a un module distinct pour le traitement des bandes discrètes qui peut aussi se faire manuellement et automatiquement. Le nombre de bandes, leurs positions, leurs surfaces et  leurs volumes densitométriques sont automatiquement détectés. Une calibration du volume densitométrique de bandes "standard" peut-être réalisée et utilisée pour une série d'essais.
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Cardiolab:  Cardiolab fournit une simulation d'électrocardiogrammes in vivo après absorption de principes actifs sur la fonction cardiaque.Cardiolab fournit un tracé de la fréquence cardiaque avec la pression sanguine. Le logiciel peut aussi simuler les stimulations des nerfs vagal et sympathique (effet des "blockers" pour un taux de 50% de la dose létale). D'autres simulations pédagogiques sont possibles ainsi que la proposition d'électrocardiogrammes (après absorption de substances inconnues) laissés à l'appréciation des étudiants pour caractériser les principes actifs absorbés.
Listes des substances:
 Norepinephrine (noradrenaline) , Angiotensin, Vasopressin, DMPP, Epinephrine (adrenaline), Tyramine, Phenylephrine, B-HT 920 Isoproterenol (isopren-aline), Acetylcholine.

Antagonistes: Hexamethonium, Propranolol, Prazosin, Atropine, Mepyramine, Ranitidine, Yohimbine, Atenolol, Nifedipine, Phenoxybenzamine, Cocaine, Neostigmine.
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 Ileum:  Iléum fournit d'excellentes simulations d'expériences in vitro de l'influence de substances actives sur l' iléon d'un cobaye.
Listes des substances disponibles dans le programme:
 Acetylcholine, Carbachol, Angiotensin, Histamine, Potassium, chloride, Tetramethylammonium, Furmethide, Methacholine, Vasopressin, Barium, chloride, Hexyltrimethylammonium, Dimethylphenylpiperazinium / Atropine, Hexamethonium, Papaverine, Mepyramine, Lignocaine, Eserine.

Le logiciel peut fournir une information tant qualitative que quantitative et une rprésentation graphique est donnée à l'écran.

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 NeuroSim:  NeuroSim pour Windows est tout à fait adapté à l'enseignement en neurophysiologie et s'adresse aux étudiants du premier et second cycle. Il contient plusieurs modules qui simulent des aspects particuliers des fonctions neuronales.                    Chacun de ces modules est strictement indépendant bien qu'il soit utilisé dans la même interface. Tout d'abord l'utilisateur sélectionne les paramètres de l'expérience neurophysiologique pour une simulation donnée et lance l'expérience. Le logiciel génère alors les résultats de façon identique à celle observée sur un oscilloscope dans une véritable expérience neurophysiologique. L'utilisateur peut faire varier les paramètres et observer les effets et tout cela de façon très intuitive.
Liste des modules disponibles:
HODGKIN-HUXLEY: Simule l'impulsion nerveuse selon le modèle de H.H. Deux stimulus peuvent être appliqués simultanément avec des caractéristiques définies, l'utilisateur peut modifier l'amplitude et la durée des impulsions De nombreux phénomènes peuvent être visualisés tels que la période réfractaire, le seuil d'adaptation...Il est possible en outre de visualiser l'influence de facteurs extérieurs tels que de la température ou de l'action de substance actives.
 GOLDMAN:  Simulations selon les équations de Goldman-Hodgkin-katz. Elles permettent à l'étudiant de suivre la relation entre la  concentration ionique et l'équilibre potentiel, la perméabilité ionique et la membrane. Le logiciel calcule explicitement les équations
de Nernst et de Goldman pour une série de paramètres ioniques.
MEMBRANE patch:  Simule les caractéristiques cinétiques d'un canal ionique. 3 modèles sont proposés. L'histogramme des temps ouverts et fermés est affiché et l'information peut-être exportée sous la forme de fichiers ASCII pour une étude plus approfondie.
Passive Conduction:  Permet de simuler les caractéristiques de conductibilité d'un neurone. L'expérience consiste à insérer sur une dendrite, 6 microélectrodes et après avoir imposer une impulsion électrique sur l'une des électrodes, de mesurer la tension sur les 5 autres. L'utilisateur peut alors observer les variations de la conduction en fonction de divers paramètres (temps et amplitude d'impulsion, distance entre les électrodes, diamètre neuronal etc..)
NETWORK: Ce module permet de construire des réseaux de neurones et d'étudier les propriétés individuelles des neurones. Tous types de synapses peuvent être définis. Après avoir imposé une impulsion donnée, un grand nombre de phénomènes liés au circuit peuvent être mis en évidence tels que les oscillateurs, l'inhibition latérale...
Neuron Synapse: Il s'agit d'un modèle neuronal dans lequel on prend simultanément en compte la dépendance du voltage et la
conductance synaptique.Cette approche permet d'étudier des systèmes cellulaires plus complexes que ceux pouvant être traités avec
le modèle HH. Plus de neuf potentiels de canaux "type" peuvent être définis. Les concentrations intracellulaires de calcium
 peuvent être simulées. Le module Neuron Synapse peut être parfaitement utilisé pour reproduire des simulations classiques de la littératures ou pour explorer en détail les conséquences physiologiques d'une variation de la cinétique des canaux et d'autres propriétés.

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